La Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente tiene como antecedente a la Comisión para la Paz (COMIPAZ), la cual fue creada por Resolución Presidencial el 9 de agosto de 2000 bajo el mandato del Dr. Jorge Batlle. La resolución N°858/000, tenía como propósito determinar la situación de los detenidos – desaparecidos, así como también esclarecer la situación de los menores de edad desaparecidos en similares condiciones. Esta comisión tenía 120 días para elaborar un informe (aunque el plazo podía ser prolongado si era necesario) sobre la situación de los detenidos-desaparecidos. En abril de 2003, COMIPAZ entregó el “Informe Final”, en el cual se dio a conocer la “versión oficial” sobre la situación de los detenidos-desaparecidos y advirtieron que existía diversos trámites referidos a actuaciones cumplidas en la República Argentina que no estaban concluidos, para lo cual demandaban la creación de una Secretaría de Seguimiento, con funciones administrativas, para tratar y continuar los trámites pendientes.
La “Secretaría de Seguimiento” fue creada en el mes de abril de 2003, bajo la resolución presidencial N°449/003 con funciones administrativas, cuyo objetivo sería “atender y continuar los trámites pendientes iniciados por la Comisión para la Paz”. La Secretaría funcionaba bajo la órbita de la Presidencia de la República y estaba a cargo de la Lic. Soledad Cibils Braga.
El 26 de diciembre de 2006, bajo la resolución N° 832/006, se declaró culminada la primera etapa de la investigación de las desapariciones forzadas perpetradas en el territorio nacional. En el numeral 4 de dicha resolución, se establece la publicación de los informes elevados por los Comandantes en Jefe de las Fuerzas Armadas, como también el informe elaborado por la Universidad de la República. En dicha resolución se fija el 19 de junio de cada año como única fecha conmemorativa de que nunca más deberán ocurrir hechos como los que se vivieron; será la única fecha asignada por el gobierno nacional.
Al año siguiente, bajo la resolución presidencial N°297/007 y en cumplimiento del artículo 4° de la Ley N° 15.848, el 14 de mayo se solicitó la publicación de la “Investigación Histórica sobre Detenidos Desaparecidos”, la cual fue plasmada en cinco volúmenes realizados por el equipo de historiadores uruguayos José Pedro Barrán, Gerardo Caetano y Álvaro Rico. El 17 de diciembre del mismo año mediante la nueva resolución presidencial N° 812/007, se establece que partiendo de un importante cúmulo de investigaciones pendientes para la Secretaría, se procederá a reorganizar dicha Secretaría y se la dotará de mayores recursos a fin de determinar lo ocurrido con los detenidos-desaparecidos.
En agosto el 2011, luego de la sentencia emitida por la Corte Interamericana de Derechos Humanos en el caso Gelman vs. Uruguay, se crea la Comisión Interministerial, la cual estará conformada por: la Coordinadora de la Secretaría de Seguimiento junto con miembros designados por el Ministerio de Educación y Cultura, de Relaciones Exteriores, de Defensa Nacional y el Ministerio del Interior. Dicha Comisión tendrá el fin de supervisar el cumplimento de lo dictado por la Corte Interamericana de Derechos Humanos así como definir políticas para esclarecer los hechos como también coordinar con los diferentes organismos nacionales e internacionales con el fin de lograr los objetivos encomendados.
Se asignó entonces a la Secretaría de Seguimiento de la Comisión para la Paz de Presidencia de la República la realización de tareas de recepción, análisis, clasificación y recopilación de información sobre las desapariciones forzadas ocurridas. Asimismo, se ordenó la creación de una Base de Datos Unificada y la creación de un Banco de muestras genéticas, en la órbita del Instituto Nacional de Donación y Trasplante de Células, Órganos y Tejidos, del Ministerio de Salud Pública.
El 1° de agosto de 2013, por resolución presidencial N°463/013, se modifica el nombre de la Secretaría, que pasa a denominarse Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente, ampliándose sus cometidos en materia de investigaciones y, entre otros aspectos, indicando la cooperación con la Unidad Especial para causas de Derechos Humanos, creada en la órbita del Ministerio del Interior con el fin de auxiliar en las investigaciones judiciales. La anterior resolución deja asentado que la Secretaría contará con una Secretaría administrativa que dependerá de la Dirección General y que tendrá a cargo las funciones y gestiones administrativas, también contará con equipos de investigación en las áreas de historia y antropología forense, un equipo de archivólogos que tendrá a su cargo el archivo de la Secretaría y la base de datos unificada y por último, una Unidad de comunicaciones e informática.
El 4 de diciembre del mismo año, bajo la resolución presidencial N°805/013, se aprueba el “Protocolo de Procedimientos a seguir en la búsqueda, recuperación y análisis de restos óseos de personas detenidas-desaparecidas”; dicho protocolo concuerda con la ordenanza que había realizado anteriormente la Corte Interamericana de Derechos Humanos al Estado uruguayo en la sentencia del caso Gelman vs. Uruguay.
Por Decreto Nº 131/2015, Presidencia de la República crea el Grupo de Trabajo por Verdad y Justicia, como organismo autónomo e independiente, que tiene como cometido esencial investigar los crímenes de lesa humanidad cometidos por agentes del Estado o aquiescencia de éste, en los años “… comprendidos del 13 de junio de 1968 hasta el 26 de junio de 1973 y del 27 de junio de 1973 hasta el 28 de febrero de 1985 (Ley N. º 18596 del 18 de setiembre de 2009)”.
Dispone que estará integrado por ciudadanos designados por Resolución del Presidente de la República “… que por su trayectoria personal, garanticen la independencia de criterio, la ecuanimidad y la plena autonomía en el desempeño de su cometido. Se desempeñarán en forma honoraria y no adquieran la calidad de funcionario público”.
La Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente, pasó a constituir el soporte funcional y administrativo del Grupo de Trabajo por Verdad y Justicia, quién definirá sus planes de trabajo y líneas de acción e instruirá en tal sentido a la Dirección de dicha Secretaría, la que dispondrá lo necesario a tales efectos.
Está Secretaría pasará a depender administrativamente de la Secretaría de Presidencia de la República.
El 29 de febrero del 2020 deja de funcionar el Grupo de Trabajo por Verdad y Justicia, entregando un Informe Final con el recuento de su gestión comprendida desde su creación el 19 de mayo del 2015 por Decreto 131/2015.
El 8 de mayo del 2020, bajo resolución PU/6 del Director General de la Presidencial de la República resuelve encomendar a la Dirección de la Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente a la Sra. Matilde Rodríguez Larreta.