La información del SISUR está siendo actualizada y ampliada en el marco del proyecto IPPDH-FOCEM "Fortaleciendo capacidades institucionales para la gestión de políticas públicas en Derechos Humanos en el MERCOSUR".

El relevamiento realizado en esta primera etapa del SISUR incluye las instituciones estatales cuyas agendas temáticas corresponden a los cuatro ejes priorizados: prevención de la violencia, igualdad y no discriminación, memoria y justicia e infraestructura institucional. En Uruguay se identificaron 25 organismos entre instituciones (16) y mecanismos de articulación (9) que se encuentran concentrados mayoritariamente en el Poder Ejecutivo (80%). A lo largo de la ficha se presenta la institucionalidad en derechos humanos del Uruguay en función de los ejes analíticos del SISUR.
En Uruguay y dentro del Poder Ejecutivo se ubican dos instituciones primarias para la promoción y protección de los derechos humanos, la recientemente creada Secretaría de Derechos Humanos (2014) y la Secretaría de Derechos Humanos para el pasado reciente, sucesora de la Comisión para la Paz, ambas dependientes directamente de presidencia. Asimismo se destaca la Institución de Derechos Humanos y Defensoría del Pueblo, órgano independiente - aunque formalmente dependiente del Poder Legislativo - creado bajo los lineamientos de los principios de París y en funcionamiento desde el 2012.
El diseño institucional del Uruguay en relación a los derechos humanos se asemeja al modelo brasileño donde los órganos rectores principales dependen directamente de presidencia, buscando incorporar a los derechos humanos como eje transversal en el diseño de las políticas públicas
Por otra parte, del Ministerio de Desarrollo Social (MIDES) dependen instituciones específicas para la promoción y protección de grupos en situación de vulnerabilidad, en particular se pueden mencionar el Instituto Nacional de la Juventud (InJu), el Instituto Nacional del Adulto Mayor (InMayores), el Instituto Nacional de la Mujer (InMujeres) y el Instituto del Niño y el Adolescente del Uruguay (INAU). Estas áreas, algunas existentes desde hace ya más de diez años y otras más recientes , se ven reforzadas y se articulan a su vez con la Dirección de Políticas Sociales del MIDES que trabaja con un claro enfoque de derechos y que aborda entre otras las temáticas de LGBT; afro-descendientes y migrantes.

El proceso democrático del Uruguay tendrá un período transicional que se inicia en 1980 con el plebiscito de aprobación de la constitución propuesto por el gobierno militar y rechazado mayoritariamente, el cual durará hasta 1985 con el triunfo electoral de Julio María Sanguinetti del partido colorado.
En 1986 y en medio de las presiones de las cúpulas militares se promulga la "Ley de Caducidad de la pretensión punitiva del Estado" que impedirá juzgar a los militares involucrados en la violación de los derechos humanos durante la dictadura. Más allá de la dificultad para llevar a juicio a los militares, desde los organismos de derechos humanos y posteriormente desde el Estado se realizaron cuantiosas investigaciones para conocer e investigar los hechos ocurridos durante el gobierno de facto. En el año 2000 se crea la Comisión para la Paz, luego conocida como COMIPAZ que publicará su Informe final en el 2003.
El pronunciamiento de la Corte Interamericana de Derechos Humanos en relación con el caso “Gelman versus Uruguay” tendrá un fuerte impacto político y generará diversos cambios en relación a la institucionalidad en derechos humanos del Uruguay, en particular impulsando el fortalecimiento de los mecanismos de recepción, análisis, clasificación y recopilación de información sobre las desapariciones forzadas, de lo que se ocupará específicamente la Secretaría de derechos humanos para el pasado reciente.
Por otro lado, la Institución de Derechos Humanos y Defensoría del Pueblo empieza a ejercer sus funciones en el 2012, luego de más de cinco años de discusiones y burocracias para su implementación. En sus dos años de trayectoria, ha logrado realizar dos Asambleas Nacionales de Derechos Humanos con una alta participación. Asimismo, ha realizado importantes informes y declaraciones sobre temáticas de trascendencia en el país. Por su parte la Dirección de Derechos Humanos del Ministerio de Relaciones exteriores se mantiene desde la restauración democrática, ejerciendo el rol de articulador con el Sistema Universal e Interamericano de Derechos Humanos
Finalmente la actual Secretaría de Derechos Humanos dependiente de presidencia, surge en el 2014 como parte de la reestructuración institucional en derechos humanos y hereda parte de las áreas y funciones de la Dirección de Derechos Humanos que funcionaba desde el 2005 en el Ministerio de Educación y Cultura.

La agenda temática que da pie a la conformación de la institucionalidad de derechos humanos en el Uruguay es el eje memoria, verdad y justicia, del mismo modo que en otros países de la región como Argentina. Tempranamente sin embargo, la agenda uruguaya se orientó hacia otras temáticas de derechos humanos, destacándose las políticas de prevención de la discriminación racial. Otros ejes temáticos relevantes en Uruguay son las acciones para la promoción y protección de grupos en situación de vulnerabilidad, particularmente las personas mayores, mujeres y grupos LGBT, donde se destacan normativas y políticas públicas de impacto nacional y regional.

Las organizaciones sociales están muy presentes dentro de la institucionalidad de derechos humanos del Uruguay que incluirá en todos los mecanismos de articulación la participación social. Asimismo las Asambleas Nacionales de Derechos Humanos organizadas por la Institución de Derechos Humanos convocan anualmente organizaciones y movimientos sociales para discutir y consensuar la agenda de derechos humanos.
Desde otros espacios, como la Dirección de políticas sociales del MIDES o la Dirección de DDHH de Cancillería también se propician instancias de articulación y participación social, aunque estos mecanismos no se encuentran siempre formalizados.

Uruguay cuenta con una reciente normativa de acceso a la información pública la cual ha tenido ya un impacto en la publicación de datos e información de las instituciones del Estado. Desde el Centro de Información Oficial (IMPO) se realiza la publicación periódica de cuadernillos que incluyen temas de derechos humanos, así como acceso a datos e información pública.
En relación a la producción documental, desde el MIDES y las instituciones dependientes se han realizado en los últimos años una vasta variedad de publicaciones de acceso público sobre derechos sociales.